Вертолеты можно хранить только в ангаре в аэропорту/на военной базе.

Лучше всего для миссий базы и бункера запускать организацию.

В этом случае в контекстном меню (кнопка М на клаве) появится раздел "Транспорт шефа", в нем можно бесплатно спавнить себе поблизости штурмовой Баззард. Если он куплен.

Но вылетать на вертолете с базы/бункера как из офиса не получится.